16일 수석비서관회의는 이 대통령이 천주교 주교단의 4대강 사업 반대 기자회견, 정치권의 무상급식 논란 등을 두고 참모들에게 적극적이고 선제적인 설명과 설득이 부족하다고 강하게 꾸짖는 자리였다. 보도에 따르면 이 수석에 대한 질책도 이런 맥락에서 나왔다. 회의에서 한 수석이 “신동아 4월호에 정부 여당에 부정적인 기사가 다수 실릴 예정이라고 한다”고 말을 꺼낸 게 발단이 됐다. 이날은 신동아 4월호가 발간되기 하루 전으로, 김우룡 전(前) 방송문화진흥회 이사장의 MBC 인사 관련 인터뷰 등 구체적인 보도 내용은 수석비서관 회의에서 언급되지 않았다고 이 신문은 전했다.
이 대통령은 이 수석에게 “신동아가 계속 부정적 기사를 내보내는 게 우리에게 실제 잘못이 있어서냐, 아니면 신동아 쪽에서 뭔가 오해를 하고 있는거냐”며 “오해가 있는 거라면 설명하고 설득해야 할 것 아니냐”는 취지로 말한 것으로 전해졌다. 신동아는 올 들어 정부의 세종시 관련 문건(2월호), 권태신 국무총리실장 과다 부동산 논란(3월호) 보도에 이어, 4월호에서 김우룡 전 이사장 인터뷰와 국정원의 ‘박근혜 뒷조사 TF’ 등 정부·여당에 비판적인 기사들을 실어왔다.
이 대통령은 동아일보 정치부장을 지낸 이 수석에게 “신동아가 부정적 기사를 계속 내보내는 것에 무슨 근거가 있는 거냐. 동아일보 출신이면서 왜 제대로 대응하지 못하느냐”고 질책했다고 이 신문은 전했다.
이 대통령은 이날 회의에서 이동관 수석이 “TK X들, 문제 많다”고 말했다는 지난 2일 경북일보 보도도 언급했다. 이 대통령은 “비슷하게라도 얘기했으니까 그런 보도가 나왔을 것 아니냐”며 “당장 소송을 취하하라”고 역정을 냈다. 이 대통령은 이 수석에게 “본인이 관련된 문제에 대해서는 소송을 걸면서 신동아 같은 사안에 대해서는 왜 제대로 대응하지 않느냐”고도 말했다고 한다. 이 수석은 경북일보 간부와 기자를 허위사실 유포에 따른 명예훼손 혐의로 형사고소하고, 5억원의 손해배상청구 소송을 낸 상태다.